Zirkonholdigt naturligt silikat ZrSiO4 kaldes zircon (Zircon) eller hyacint (hyacint) vidt udbredt i naturen, med en række smukke farver fra orange til rød, siden oldtiden betragtes det som en ædelsten, det siges at ordet Zircon kommer fra det arabiske ord Zarqūn, som er cinnaber, og det siges også at komme af det persiske ord Zargun, som er guld, og hyacint kommer fra det græske ord "lilje", og ø-landet Sri Lanka i Det Indiske Ocean er rig på zirkon. Ædelstene, der indeholder zirconium som en form for zirkon, har været kendt siden oldtiden.
I 1789 fandt tyskeren MHKlaproth ud af, at da han studerede zirkon, var det eutektisk med natriumhydroxid, kølevæsken blev opløst med saltsyre, kaliumcarbonat blev tilsat til opløsningen, bundfaldet blev filtreret og renset, og derefter blev sedimentet co- kogt med svovlsyre, og så blev siliciumoxidet filtreret fra, og calcium, magnesium, Oxidet af aluminium, som ikke fandtes, udfældede efter tilsætning af kaliumcarbonat til opløsningen, dette bundfald opløstes ikke i lud som alumina , og det interagerede heller ikke med syre som magnesiumoxid, mente Klaproth, at dette bundfald var forskelligt fra de tidligere kendte oxider og var sammensat af Zirkonerde (zirconium, tysk), og snart bekræftede den franske kemiker de Both Morueau og Vauquelin rigtigheden af MH Klaproths analyse er grundstoffets latinske navn Zirconium, og symbolet er Zr, som er oversat til zirconium på kinesisk.
I 1808 brugte britiske H.Davy en elektrisk strøm til at nedbryde zirconiumforbindelser, uden held, i 1824 brugte svenske JJ Berzelius første gang kalium til at reducere K2ZrF6 for at producere metal zirconium, men det var ikke rent nok, reaktionsformlen var: K2ZrF{ {5}}K=Zr + 6KF, reaktionen kan også bruges Na som et reduktionsmiddel, indtil 1914, to forskere Lely og Ham i en metal-hvid varm lampefabrik i Holland Bruger brugt vandfrit zirconiumtetrachlorid og overskydende natriummetal til en tom kugle, opvarmet med elektrisk strøm ved 500 grader, og opnået rent metalzirconium.
Helt rent zirconium blev først fremstillet i 1925 af de hollandske kemikere Anton Eduard van Arkel og Jan Hendrik de Boer ved at nedbryde zirconiumtetraiodid (ZrI4). Zirconium fremstilles i store mængder ved at opvarme zirconiumtetrachlorid med magnesium.